Le jeu plonge le joueur dans un monde créé dynamiquement, composé de blocs (ou plutôt des voxels), de différents matériaux représentant de la terre, du sable, de la pierre, de l'eau, des arbres, des animaux, etc. Le concept de base est que le joueur peut modifier ce monde à volonté en y ajoutant ou supprimant des cubes et en tentant de survivre le plus longtemps possible, lui permettant ainsi de bâtir des constructions avec une grande liberté, rappelant ainsi les jeux de création Lego.
Un des grands intérêts du jeu réside dans la création dynamique du monde : chaque carte est générée aléatoirement au fur et à mesure que le joueur avance. Cependant les paysages sont cohérents et composés de plusieurs biomes (forêt, prairie, désert, jungle, toundra, taïga et par la suite marais et même champignons géants). Une carte donnée peut devenir très grande au fil de sa génération, jusqu’à l’équivalent de 8 fois la superficie de la Terre. Il est possible de jouer seul dans une carte générée dynamiquement, ou en multijoueur sur un serveur existant ou créé pour l'occasion.

Minecraft propose à l'heure actuelle quatre modes de jeu différents : la version survival, la version creative, la version hardcore, apparue dans la mise à jour 1.0.0 (le jeu en est actuellement à la version 1.5), et finalement le mode Adventure apparue dans la version de développement 12w22a. Dans tous les modes (sauf hardcore et aventure) Minecraft est disponible sur iPod touch, iPad et Android pour 5,99 euros ainsi que sur Xbox360.

Le mode survie (survival) plonge le joueur dans un monde peuplé de monstres qui apparaissent dans les endroits sombres, c'est-à-dire la nuit et dans les grottes non éclairées.
Le joueur doit survivre et être capable de se défendre. Pour cela, il peut fabriquer des outils : par exemple, à partir de bois, il peut faire des planches et des bâtons ; avec des bâtons et de la pierre, il peut fabriquer une pioche, ou bien une épée ; avec une pioche, il peut extraire du minerai, allant du fer jusqu'à l'or, la redstone (« pierre rouge ») ou le diamant. Chaque outil est construit à partir d'éléments simples récoltés. Il est également nécessaire de chasser ou de cultiver des céréales afin de s'approvisionner en nourriture.
Dans ce mode, le Tréfonds (également appelé l'Enfer ou Nether en anglais) est un monde parallèle hostile et sombre (ni jour, ni nuit) qui contient des éléments introuvables dans le monde normal. Pour y parvenir, il faut construire un portail d'obsidienne, un élément rare et difficile à extraire. Sur Ipod il sera dans un château d'obsidienne avec des cochons-zombie. Il faudra construire une figure compliquée.
Dernier point remarquable, la pierre rouge (plus souvent appelée "redstone") permet de concevoir des circuits logiques et de rendre le monde interactif : on peut ainsi fabriquer des portes à ouverture automatique,des générateurs de sable ou encore une calculatrice.
Dans la version finale (1.0.0), un 3e monde existe : l'Ender. Le joueur doit y combattre un dragon nommé l’Ender Dragon pour pouvoir accéder aux crédits de fin, sous forme de dialogue entre deux Endermen. De même, cette version finale offre au joueur la possibilité d'enchanter ses outils et armures afin de leur attribuer certains pouvoirs, et un système d'alchimie pour fabriquer différentes potions pouvant être aussi bien à effet positif que négatif.
Depuis la version 1.4.2, le joueur a la possibilité de combattre un nouveau boss: le Wither. En effet, il existe maintenant dans le Nether un nouveau monstre: le wither-skeleton (sorte de grand squelette noir armé d'une épée en pierre, qui se trouve dans les châteaux ou "forteresses" du Nether). Depuis la 1.4.2, le joueur peut aussi récupérer la tête des monstres en les tuant. Pour invoquer le Wither, il sera nécessaire au joueur de récupérer des têtes de wither-skeleton et d'en faire un crafting en "réel" (à la façon de réalisation d' un Golem de fer).

Le mode créatif (creative mode) ressemble au mode survie, les seuls points différents sont que le joueur n'a plus de vie, de barre de faim ni de barre d’oxygène, il ne peut donc plus mourir, sauf en tombant dans le cœur de la planète ou en utilisant la commande /kill. Il a aussi accès à tous les blocs du jeu et peut voler. Ce mode lui permet de profiter des améliorations de la version payante (mouvement des liquides, TNT, monstres, outils…) que ne propose pas le mode classique tout en pouvant laisser libre court à son imagination. Il peut être pratique pour construire des grands bâtiments ou des circuits de redstone sans se préoccuper de devoir miner ou collecter les ressources.
En multijoueur, les administrateurs de serveurs peuvent se mettre ou mettre une personne en mode créatif à l'aide d'une commande (/gamemode 1 pseudo-du-joueur).
Depuis la version 1.1, il est possible de changer le type de monde généré (plat, normal ou biomes larges depuis la version 1.3). Depuis la 1.4.2, le joueur peut également choisir la composition des mondes plats.
Le mode créatif permet aussi de casser les blocs instantanément (même la bedrock qui est habituellement incassable).

Le mode hardcore est similaire au mode survie, sauf que le joueur n'a qu'une seule vie et que la difficulté est bloquée au niveau maximum. Si le joueur meurt, il ne peut pas ressusciter et le monde sera supprimé à tout jamais, il n'a donc pas le droit à l'erreur. Dans ce mode, l'apparence des cœurs de la barre de vie est différente : Ils ont deux yeux leur donnant un air diabolique. À la fin de la partie, le score du joueur s'affiche, correspondant aux nombres de monstres tués, et donc à l'expérience acquise au cours du jeu. Le mode hardcore peut être jugé trop simple par certains, des mods comme Mo'Creature ou Herobrine peuvent le rendre encore plus difficile.

Le mode Adventure, apparu dans la version 1.3 est similaire au mode survie, sauf que le joueur ne peut ni détruire, ni placer des blocs. Pour survivre, il doit donc commercer avec les villageois en utilisant des émeraudes comme monnaie d’échange, et prendre ce qu'il y a dans les coffres des donjons, des mines abandonnées et des forges. Ce n’est qu’à partir de la version 1.4.2 que le joueur peut utiliser des outils, mais uniquement ceux appropriés dans certaines situations : l’épée contre les monstres, la pioche pour les minerais et la roche, la hache pour le bois, etc. Ce mode de jeu est le plus souvent utilisé pour les cartes aventure, parties enregistrées et partagées par les créateurs pour que d'autres joueurs les reçoivent et y jouent. Ces cartes aventure peuvent avoir un scénario ou non, et dont les objectifs et les constructions dépendent entièrement du choix du ou des créateurs. Le mode Adventure sert alors à empêcher les joueurs de jouer au jeu normalement sur les cartes aventure et de limiter leurs modifications sur les blocs, ce qui pourrait gêner le bon déroulement de la partie.